La gestione strategica è affidata al coordinatore, responsabile ultimo del progetto, anche sotto il profilo finanziario e presidente del Comitato di progetto, che ha il compito di definire le linee politiche e le strategie. È composto da un rappresentante per ogni partner e si riunisce, in media, ogni sei mesi. La gestione operativa di Partecipa.Net è affidata invece ad un Comitato tecnico, presieduto dal referente tecnico e composto dai responsabili dei dodici pacchetti nei quali si articola il piano delle attività. Si riunisce almeno trimestralmente, pianifica l´intera attività ed è l´unico soggetto autorizzato a rilasciare i diversi strumenti, o le applicazioni che saranno utilizzate per realizzarli, per il Kit di e-democracy.